A vigilância das fronteiras estará activa até ao fim da JMJ e não é só nas fronteiras que podemos encontrar um aumento na segurança. Até ao momento foram controladas 673 mil pessoas e foi recusada a entrada no país a 115. Os parques Eduardo VII, Tejo e Fátima são alguns dos pontos críticos em relação a segurança. Uma das forças de segurança que tem estado a colaborar de perto com as autoridades portuguesas é a Guardia Civil espanhola.
As duas autoridades tem trocado inúmeras informações já que Espanha é um país de transito para os peregrinos europeus que se dirigem para Portugal usando vias terrestres ou os que chegam a Madrid vindos da América do Sul. A cooperação está a acontecer tanto na vigilância das fronteiras terrestres como no cordão de segurança que já está activo em Fátima. O Papa Francisco estará na Cova da Iria no sábado. No santuário, a Guardia Civil terá um esquadrão de cavalaria, equipas anti-drone ou um Gabinete Móvel de Atendimento ao Peregrino que fale espanhol.
Desde o dia 25 de Julho estão a ser feitos controlos móveis mistos e patrulhas marítimas nos rios internacionais, como é o caso do Guadiana ou do Minho. A Guardia Civil tem actuado ao lado da GNR em inúmeros controlos. O presidente português, Marcelo Rebelo de Sousa, espera que «a segurança funcione» durante a jornada. A Guardia Civil também reforçou a vigilância fronteiriça nas regiões que ficam perto tanto de Portugal como de França. A JMJ trará, de 1 a 6 de Agosto, mais de um milhão e meio de peregrinos a Lisboa. A nacionalidade que terá mais peregrinos será a espanhola. A portuguesa aparece em quarto lugar, atrás da francesa e da italiana.