En 2018, una portada de la revista Visão mostró que el puente 25 de Abril necesitaba obras profundas, ya que varios tornillos y otras piezas de dimensiones importantes (la más grande era de tres kilos) habían caído en Alcântara. Casi dos años después, el ministro de Infraestructura y Vivienda, Pedro Nuno Santos, anunció que estos trabajos de conservación se han retrasado y que irían más allá del plazo inicial, que finalizó este año.
Este retraso se debe a un desacuerdo existente entre IP (Infraestructuras de Portugal) y un consorcio compuesto por las empresas Somague, Consolidation and Modification of Structures, Sociedade de Montagens Metalomechanics y STAP-Repair. Para resolver este problema, que hace que los trabajos se retrasen otros seis a siete meses, se creó un grupo de trabajo que involucra a varios ingenieros del LNEC (Laboratorio Nacional de Ingeniería Civil).
El desacuerdo técnico, que es la causa de este retraso, se debe, según Pedro Nuno Santos, a las muy bajas propuestas que hacen las empresas constructoras para garantizar las obras y que terminan planteando varias preguntas en la ejecución de las mismas. Para las intervenciones en el primer puente sobre el Tajo (el segundo, Vasco da Gama, inaugurado en 1998), que abarca desde reparaciones hasta construcción de metal y soldadura, hay un presupuesto de 12,6 millones de euros.
Junto con las obras en el puente 25 de Abril, las obras de conservación y restauración en el puente Internacional Guadiana, que conecta a Castro Marim con Ayamonte, son las principales inversiones en la carretera existentes en el presupuesto estatal para este año.
Se espera que las obras en el Puente 25 de Abril terminen en el verano de 2021.